Для полноты картины добавлю, что PDFjam более прямолинеен, чем прохождение PostScript и psnup. Он включает в себя «pdfnup», который, вероятно, может делать то, что вы хотите. Но есть несколько недостатков для вашего приложения:
Сочетание установки TeX с cygwin не совсем соответствует вашей спецификации "как можно меньше для развертывания на сервере".
Но если вы ищете решение с открытым исходным кодом, pdf (La) TeX действительно отлично справляется с подобными манипуляциями с pdf. Лучшим вариантом может быть посмотреть, что делает pdfnup, и продублировать ту функциональность, которая вам нужна в .NET.