Я думаю, я бы искал инструмент для написания сценариев - я бы взял Perl, но Python, вероятно, тоже справится с этим. Я бы, вероятно, отбросил весь исходный файл, а затем использовал бы многострочное регулярное выражение для сбора комментариев.
Причина, по которой вы не пытаетесь сделать это в sed plus bash, заключается в том, что sed будет выводить N-строчные комментарии, которые вам затем придется разделить - и это будет сложно.