awk
1-лайнер просто для удовольствия.Это не имеет значения, сколько пар чисел находится в 3-м поле, оно будет работать на всех них.
awk -F, '{$ 3 = substr (gensub (/ (.) (.) /, "\ 2 \ 1", "g", $ 3), 3)} 1 'OFS =, / путь / к / файлу
Ввод
$ cat ./infile
123711184642,3583090366663629,0036f920012437d4
123715942138,3538710295145500,0136f920afd6c643
Вывод
$ awk -F, '{$3=substr(gensub(/(.)(.)/,"\\2\\1","g",$3),3)}1' OFS=, ./infile
123711184642,3583090366663629,639f021042734d
123715942138,3538710295145500,639f02fa6d6c34