В свойствах проекта вы можете установить «Дополнительные параметры» как для компилятора, так и для компоновщика (я думаю, вы нашли это по вашему вопросу).
Однако вы должны использовать обратные кавычкивокруг строки pkg-config, т.е.
`pkg-config --cflags gtk + -2.0` (для дополнительных опций компилятора)
` pkg-config --libs gtk + -2.0` (для компоновщика)
Возможно, вам также понадобится использовать gnu make, поскольку не все варианты понимают обратные кавычки.