Помимо попадания в память для загрузки данных в PHP, вы должны учитывать факт переноса данных из MySQL для перемещения их в PHP, прежде чем пересечение может быть выполнено. Это разница в производительности, которую необходимо учитывать, если PHP и MySQL не находятся в одном окне.
Базы данных оптимизированы для подобных операций - выполнение запроса в MySQL также минимизирует объем данных, передаваемых в PHP.