Если схема была сгенерирована с помощью NHibernate, она уже установила все отношения на уровне схемы. Теперь, если NHIbernate не использовался при генерации схемы, вам все равно посоветовали бы установить их, потому что всегда есть вероятность, что ошибка кодирования может привести к операциям с базой данных, которые нарушат правила отношений, но NHibernate игнорирует из-за ошибка в коде.
Примером этого может быть связь с ограничением Not Null. Если NHibernate настроен неправильно, он вполне может попытаться обновить объект и установить отношение в Null (скажем, вместо того, чтобы удалить его), что будет очень трудно отладить без правильных отношений и / или инструмента отладки NHibernate. как NHProf.