Доступ к командной строке - самый простой способ.
Попробуйте что-то вроде этого:
Process myProc = Runtime.getRuntime().exec(command);
Где команда - это строка, которую вы хотите передать в командную строку.
После этого вы можете перенаправить вывод / ввод этого процесса в некоторые Java-буферы, чтобы получить полный контроль.
myProc.getInputStream();
myProc.getOutputStream();