Это очень хороший вопрос.
Должно быть несколько способов его обезопасить. Я могу подумать о том, что - если вы не предоставляете XML на веб-сайте, - измените тип MIME XML, зарегистрированного на веб-сайте, чтобы он не обслуживался.
Другие решения, не обеспечивающие непосредственную защиту файла "hibernate.cfg.xml":
1) Определите конфигурацию в web.config с помощью обработчика раздела NHibernate
2) Настроить в коде
3) Настройте NHibernate для чтения файла с расширением .config