Проверьте environment.rb
, чтобы убедиться, что вы не указываете рельсы 2.3.8 явно.Если это так, вам нужно убедиться, что вы обновились до Bundler правильно.
Я предлагаю создать пустой проект rails 3, посмотреть, как сгенерированные файлы, и убедиться, что ваше приложение выглядит одинаково.