Я думаю, что лучшим способом на этот раз по-прежнему является использование flash-плеера, который может взаимодействовать с javascript, поэтому вам не нужно вставлять звуковой файл пару раз, вы можете просто воспроизвести звук, если хочу.
Если когда-нибудь HTML5 будет достаточно поддерживаться всеми браузерами, будет проще использовать <audio>
-элемент и его методы воспроизведения / паузы.