Я полагаю, что в propel подобной задачи нет.
Вы можете попробовать скрипт bash ниже. Сначала сделайте резервную копию вашего кода .Я предполагаю, что вы какая-то система контроля версий.
В этом списке должны быть перечислены файлы, вызывающие ваши проблемы:
./symfony s 2>&1 | grep "failed to open stream" | sed -e 's/.*directory in \([^ ]\+\/lib\/model\/[^ ]\+\).*/\1/' | sort -u
Удалите все эти файлы с помощью (перед удалением каждого файла у вас спросят):
rm -i $(./symfony s 2>&1 | grep "failed to open stream" | sed -e 's/.*directory in \([^ ]\+\/lib\/model\/[^ ]\+\).*/\1/' | sort -u)