Если вы просто хотите использовать условное выражение как выражение, используйте троичный / условный оператор
m_checkBox.Checked ? SearchOptions.TopDirectoryOnly : SearchOption.AllDirectories
Полный образец
var filesfound = filterSplit.SelectMany(filter => folder1.GetFiles(
filter,
m_checkBox.Checked
? SearchOptions.TopDirectoryOnly
: SearchOption.AllDirectories));
Еще одна вещь, которую я заметил в вашем вопросе, - вы пытались использовать блок условных операторов для переноса выражения. Хотя этот случай может быть решен без оператора, бывают случаи, когда использование оператора более естественно. В этих случаях часто легче перенести оператор в лямбду, а не окружать вмещающий оператор.
var filesfound = filterSplit.SelectMany(filter =>
{
if ( m_checkBox.Checked ) {
return folder1.GetFiles(filter, SearchOptions.TopDirectoryOnly);
} else {
return folder1.GetFiles(filter, SearchOptions.AllDirectories);
}
});