Вы можете использовать (не для запуска):
tc = wx.TextCtrl(...)
pop = wx.PopupWindow(...)
x, y = tc.PositionToXY(tc.GetInsertionPoint)
pos = wx.Point(x,y)
pop.Move(pos)
Обратите внимание, что это будет включать в себя любое прокручиваемое расстояние в textctrl, которое вы можете захотеть уменьшить (вычтите сколько вы прокручивали из y перед созданием pos)