Я не пробовал, но Adobe действует так, как если бы в AIR было достаточно просто перейти с простого Flex на Flex.
Что более важно, так это то, на каком языке приложение уже используется. Если оно написано на JavaScript и HTML, то вполне понятно, что адаптация его к движку HTML5 / Javascript в AIR будет быстрее и менее разочаровывающей, чем перенос его на Flex и адаптация это в воздух.
Кроме того, он предоставляет вам кодовую базу, которую вы можете легче адаптировать для iPhone, если хотите, используя PhoneGap или Titanium, которые также основаны на HTML5 / Javascript.
У меня было несколько проектов, в конечном итоге увядающих на корню, потому что я ходил туда-сюда между технологиями (и параллельно позволял ползучести функций делать их все более и более монолитными и пугающими начинаниями). Итак, IMO, используемая парадигма разработки позволит вам тратить больше времени на кодирование и меньше времени на догадки.