Возможно, вы могли бы сделать это на стороне сервера:
UpdatePanel1.Update();
UpdatePanel2.Update();
Это приводит к тому, что возвращаемое из представления содержание содержит обновленную информацию для обеих панелей, а не только по одной за раз. Я полагаю, однако, что панели обновления должны быть установлены для условных обновлений.
Также еще один вопрос, есть ли у вас скрипт, который вызывает setTimeout внутри панели обновлений? Или это в другом месте, это может быть виновником, однако я не знаю, на макушке этого вопроса.