Как и для любой технологии, безопасность зависит от вас.
PHP-сессии небезопасны, как вы можете себе представить, например. Ознакомьтесь с статьями Криса Шифлетта для объяснения этих тем.
http://shiflett.org/articles
Я рекомендую для этой новой технологии Javascript прочитать о распределении ресурсов между источниками, обмене документами и веб-сокетами, чтобы лучше понять реализации и недостатки безопасности.
Хороший момент для начала поиска по этим темам (и многим другим): http://caniuse.com/.
Помните, что любая необработанная реализация - это дыра в безопасности. Безопасность должна быть обеспечена всегда для любой функции, которую вы хотите реализовать.