Вы подключаетесь к нужному порту?Для запроса последней версии Sphinx с клиентом MySQL необходимо настроить прослушиватель протокола MySQL следующим образом:
listen = localhost:9306:mysql41
... и затем подключиться к этому порту (9306 в этомслучай) с вашим клиентом.