Вы правы, панель обновления удалит ваши привязки javascript.
В постбеке панели обновлений повторно зарегистрируйте рассматриваемый javascript.
Что-то вроде:
ClientScriptManager cs = Page.ClientScript;
cs.RegisterStartupScript(typeof(Page), "ReApplyJavascript", "<script type=text/JavaScript>YourJavascriptInitMethod();</script>", false);
Если это не сработает.Вам может понадобиться использовать:
ScriptManager.RegisterStartupScript(Page, typeof(Page), "ReApplyJavascript", "<script type=text/JavaScript>YourJavascriptInitMethod();</script>", false);