Не знаю, как это сделать в командном файле, но решение для bash просто:
find . -name .svn -prune -o -print | egrep "/~.*|/[^/].*\.~.*$|/Thumbs.db" | xargs rm -f
Хотя я рекомендую сначала перенаправить файл, а затем просмотреть файлы.
Первая команда находит все, что не находится в поддиректории .svn. Вторая команда выбирает те
вещи, которые вы хотите удалить, а третий удаляет их.