Хотя сборка содержит некоторые предварительно скомпилированные методы, страница .ascx по-прежнему «интерпретируется» (технически она компилируется, но IMO ее проще воспринимать как интерпретированную) каждый раз, когда запрашивается страница (ну, не каждый время, так как оно часто кэшируется, но, безусловно, изменения вносятся впервые). Попробуйте сами - внесите изменения в некоторую разметку в файле .ascx, а затем запросите страницу - вы увидите, что ваши изменения отражены в ответе (возможно, вам придется перезапустить сайт, если он кэширован ).
Итак, исходя из этого, вам нужно будет развернуть оба файла, так как оба они используются IIS для обслуживания запроса.
С другой стороны, иногда вы можете столкнуться со странными проблемами, когда просто развертываете одну сборку (или, может быть, я просто параноик, потому что я думал, что это случилось со мной однажды) на живом сайте - безопаснее развернуть весь сайт однажды. Не имеет отношения к самому вопросу, но я подумал, что смогу это заметить.