см. Документацию здесь: http://developers.facebook.com/docs/reference/fql/
таблица, которую нужно запросить, это здесь:
http://developers.facebook.com/docs/reference/fql/comment/
(это также один изпервые примеры)
ключ в том, что вы можете указать идентификатор для каждого подключаемого модуля комментариев.используя этот идентификатор, вы можете затем выбрать комментарии, используя график api.
в отношении поисковых систем. У вас не должно быть впечатления, что вы предоставляете паукам другой контент, чем пользователям, поэтому, вероятно, было бы неплохопо умолчанию загружайте комментарии через api (пожалуйста, кэшируйте их), а затем заменяйте их полем javascript, если javascript доступен, чтобы пользователи могли писать новые комментарии.
еще лучше (на мой взгляд) будет всегдаотображать комментарии в формате html на вашем веб-сайте и загружать плагин комментариев Facebook, только если пользователь хочет сделать новый комментарий.но это, вероятно, требует еще одного дополнительного шага для пользователя.
Вы также можете прочитать о схеме сканирования ajax