Прозрачное шифрование данных зашифрует базу данных на диске, но не будет зашифровано в памяти, поэтому потребуется также соответствующая защита, чтобы неавторизованные пользователи не могли получить доступ к таблице. Поскольку это функция только для предприятий, вы можете безопасно отойти от нее.
SQL Server 2005 и выше имеют встроенные функции шифрования - взгляните на Books Online, и особенно главу 5 - Шифрование книги Адама Мачаника, посвященной разработке на SQL Server 2005 Expert (технически, хотя Лара Руббелке написала главу 5). *
Обратите внимание, что вам нужно зашифровать только некоторые столбцы - те, которые вы никогда не будете искать, поскольку зашифрованные столбцы практически бесполезны для индексации. Книга Адама Маханича предлагает пути решения этой проблемы.