PHP не сможет получить установленный файл cookie, пока страница не перезагрузится. PHP, так как он на стороне сервера, запускается только один раз при загрузке страницы. Так что если вы измените куки после загрузки страницы, ваш PHP уже запущен.
Это означает, что вам нужно перезагрузить страницу для PHP, чтобы увидеть файлы cookie, установленные Javascript.
Вы должны использовать архитектуру AJAX, которую упрощает Jquery, чтобы сделать это без обновления страницы.
Используйте var_dump ($ _ COOKIE) (как сказал Итай) или print_r ($ _ COOKIE), чтобы распечатать все куки с PHP. Вы сможете увидеть, что происходит.