В SQL Server 2005 EXCEPT
возвращает любые отличные значения из левого запроса, которые также не найдены в правом запросе.Итак, если я правильно понял, что вы хотите, вы можете сделать:
select * from table1 except select * from table2
select * from table2 except select * from table1
Если вы не получите никаких результатов, обе таблицы абсолютно одинаковы.