Для того, чтобы это произошло программным путем, потребуется немало хирургического вмешательства. Вам нужно переопределить метод Mage_Catalog_Block_Navigation::_renderCategoryMenuItemHtml().
Или вы можете скрыть родительские категории, используя CSS вашей темы? Элементы ul#nav li имеют довольно специфические значения class и id, которые позволяют вам отображать или скрывать их. Однако я подозреваю, что, учитывая сложность всплывающего меню, вы можете найти более эффективным переписать PHP. Это, вероятно, сводится к тому, где ваше мастерство лежит.
НТН,
JD