Вам понадобится веб-служба (WCF / ASMX) на сервере, где должны храниться файлы; в виде void StoreFile(byte[] file) { /* store this file and save in db */ }
.
Затем вам нужно добавить «сервисную ссылку» к этому веб-сервису в вашем приложении WPF и вызвать его с помощью Service.StoreFile(File.ReadAllBytes(@"C:\path.exe"))
.