Вы должны использовать PHP_Beautifier_Filter_Pear вместо фильтра по умолчанию .
$oBeaut->addFilter('Pear',array('add_header'=>'php'));
Или из CLI
$ php_beautifier --filters "Pear(add_header=php)"
Фильтр PEAR
- Добавит 2 новых строки после оператора Break в выражении switch.Отступ разрыва такой же, как и в предыдущей строке
- Скобка в определении функции помещена в новую строку, такой же отступ для конструкции 'function'
- Комментарии, начинающиеся с '#', заменяются на '//'
- Открытые теги заменяются на
<?php T_OPEN_TAG_WITH_ECHO, заменяются <?php echo - При установке 'add_header' фильтр добавляет один из стандартных заголовков комментариев PEAR(php, bsd, apache, lgpl, pear) или любой файл в качестве заголовка лицензии.