Я думаю, вам лучше использовать
File f = new File("e:\\files\\report\\fruits\\apples");
String parent = f.getParent();
Если вы настаиваете на использовании только String и предполагаете, что \ является разделителем пути, вы можете сделать что-то вроде этого:
String s = "e:\\files\\report\\fruits\\apples";
String parent = s.substring(0, s.lastIndexOf('\\'));
Но вы должны остерегаться крайних случаев, когда не найдено ни одного символа '\'.