Во-первых, вы должны проверить sys.prefix для Python, который вы используете для запуска сценария установки.
Во-вторых, проверьте файлы конфигурации distutils (один - distutils.cfg в каталоге стандартной библиотеки Python (я знаю, я знаю), другой - ~ / .pydistutils.cfg, последний - необязательный setup.cfg, следующий за setup.py ).