Иметь другую таблицу MyISAM, в которой есть только столбец IP и уникальный индекс. Вы получите правильный счет в кратчайшие сроки (MyISAM кэширует количество строк в таблице)
[добавлено после комментариев]
Если вам также необходимо подсчитать посещения с каждого IP, добавьте еще один столбец visitCount
и используйте
INSERT INTO
visitCounter (IP,visitCount)
VALUES
(INET_ATON($ip),1)
ON DUPLICATE KEY UPDATE
SET visitCount = visitCount+1