Быстрое и грязное решение заключается в chmod -R a-w
этих папках, чтобы svn не мог их удалить.
Однако я думаю, что если он не регенерирует, он должен находиться под контролем версийи если он регенерирует, это не должно иметь значения?
Или перекомпиляция для всех займет непомерно много времени.
Обратите внимание, что он удалит их только в первый раз, есливы защищаете файлы при первом обновлении, с вами все будет в порядке.
РЕДАКТИРОВАТЬ: или классический 'скопировать резервную копию;скопировать обратно после обновления '.