Нет способа уничтожить отдельный запущенный процесс в iis, кроме как уничтожить весь iis, выполнив команду iisreset / restart в cmd на сервере
, только другие решения могут быть сделаны - server.scripttimeout = 120
120 - это количество секунд - 90 секунд по умолчанию
или в случае SQL вы можете сделать conn.commandtimeout = 30, где conn - это ваша переменная соединения
илиесли у вас есть 2 сервера, я бы запустил 2-й запрос на 2-м сервере, а затем 3-й на 1-м и т. д.