Приложение .net 3.5 необходимо перенастроить на платформе te 4.0, чтобы оно стало приложением .net 4.0 и использовало функции .net 4.0.Это ничего не должно сломать (кроме необходимости наличия .net 4.0 на ПК вашего пользователя), но позволит вам начать использовать функции .net 4.0.
Вы можете перенастроить приложение .net 4.0 до 3,5 * 1003.* если он не использует какие-либо функции .net 4.0.Если это произойдет, вам нужно будет переписать эти биты кода для работы с .net 3.5.
Ориентация на конкретную версию .net тривиальна - это делается путем выбора версии из выпадающего списка в вашемсвойства проекта.