Нет, .NET находится поверх Windows API и требует CLR и других зависимостей для запуска.Установщики не проблема.Неважно, запускается ли exe-диск с флешки, копируется на рабочий стол или явно устанавливается.
Вы можете создать оболочку на другой платформе и заставить ее вызывать службу .NET, wcf API.
Я бы поставил под сомнение безопасность и целостность любых сторонних хаков, которые пытаются обойтинужно для .NET времени выполнения.Особенно, если вы планируете выполнить указанный продукт на компьютере клиента.