Что такое хороший способ читать построчно в R?

Question

У меня есть файл, в котором каждая строка представляет собой набор результатов, собранных в конкретной копии эксперимента. Количество результатов в каждом эксперименте (то есть количество столбцов в каждой строке) может отличаться. Порядок результатов в каждой строке также не имеет значения (первый результат в строке 1 и первый результат 2 не более связаны, чем любая другая пара; это наборы результатов).

Файл выглядит примерно так:

2141 0 5328 5180 357 5335 1 5453 5325 5226 7 4880 5486 0 
2650 0 5280 4980 5243 5301 4244 5106 5228 5068 5448 3915 4971 5585 4818 4388 5497 4914 5364 4849 4820 4370
2069 2595 2478 4941 
2627 3319 5192 5106 32 4666 3999 5503 5085 4855 4135 4383 4770 
2005 2117 2803 2722 2281 2248 2580 2697 2897 4417 4094 4722 5138 5004 4551 5758 5468 17361 
1914 1977 2414 100 2711 2171 3041 5561 4870 4281 4691 4461 5298 3849 5166 5578 5520 4634 4836 4905 5105 5089
2539 2326 0 4617 3735 0 5122 5439 5238 1
25 5316 21173 4492 5038 5944 5576 5424 5139 5184 5 5096 4963 2771 2808 2592 2
4963 9428 17152 5467 5202 6038 5094 5221 5469 5079 3753 5080 5141 4097 5173 11338 4693 5273 5283 5110 4503 51
2024 2 2822 5097 5239 5296 4561 

за исключением того, что каждая строка намного длиннее (до нескольких тысяч значений). Как видно, все значения являются неотрицательными целыми числами.

Короче говоря - это не обычная таблица, где столбцы имеют значения. Это просто набор результатов - каждый набор в строке.

Я хотел бы прочитать все результаты, а затем выполнить некоторые операции в каждом эксперименте (строке), такие как вычисление ecdf. Я также хотел бы рассчитать среднее значение ecdf для всех повторностей.

Моя проблема - как мне прочитать этот странно выглядящий файл? Я так привык к read.table, что не уверен, что когда-либо пробовал что-то еще ... Должен ли я использовать какой-то низкоуровневый readlines? Я предполагаю, что предпочтительным выводом будет список (или вектор?) Векторов. Я посмотрел на scan, но кажется, что все векторы должны быть одинаковой длины.

Любые предложения будут оценены.

ОБНОВЛЕНИЕ Следуя приведенным ниже советам, я теперь делаю что-то вроде этого:

con <- file('myfile') 
open(con);
results.list <- list();
current.line <- 1
while (length(line <- readLines(con, n = 1, warn = FALSE)) > 0) {
 results.list[[current.line]] <- as.integer(unlist(strsplit(line, split=" ")))
 current.line <- current.line + 1
} 
close(con)

Кажется, работает. Это выглядит нормально?

Когда я summary(results.list) получаю: Длина класса Mode

      Length Class  Mode  
 [1,] 1091   -none- numeric
 [2,] 1070   -none- numeric
   ....

Разве класс не должен быть целым числом? А что за режим?

Answer 1

Пример, на который ссылается Джош, - это тот, который я использую все время.

inputFile <- "/home/jal/myFile.txt"
con  <- file(inputFile, open = "r")

dataList <- list()
ecdfList <- list()

while (length(oneLine <- readLines(con, n = 1, warn = FALSE)) > 0) {
    myVector <- (strsplit(oneLine, " "))
    myVector <- list(as.numeric(myVector[[1]]))
    dataList <- c(dataList,myVector)

    myEcdf <- ecdf(myVector[[1]])
    ecdfList <- c(ecdfList,myEcdf)

  } 

close(con)

Я отредактировал пример, чтобы создать два списка из данных примера.dataList - это список, в котором каждый элемент списка представляет собой вектор числовых значений из каждой строки в вашем текстовом файле.ecdfList - это список, в котором каждый элемент является ecdf для каждой строки в вашем текстовом файле.

Вам, вероятно, следует добавить туда некоторую логику try () или trycatch (), чтобы правильно обрабатывать ситуации, когда ecdf не может быть создан из-за нулей или чего-то подобного.Но приведенный выше пример должен вас довольно близкоУдачи!

Answer 2

Да, вы можете использовать readLines. JD Long имеет хороший пример , который я немного отредактировал и представил ниже.

con  <- file(inputFile, open = "r")

while (length(oneLine <- readLines(con, n = 1, warn = FALSE)) > 0) {
  # do stuff
} 

close(con)

Answer 3

Зачем беспокоиться о построчном чтении?

results.list <- lapply(strsplit(readLines("myfile")," "), as.integer)

дает вам список целых векторов.

О ваших дополнительных вопросах: взгляните на ?mode- mode является числовым для чисел, typeof может быть целым или двойным, и class числовым или целым).Чтобы узнать, есть ли целые числа, проверьте str(results.list) или lapply(results.list, class).

Answer 4

Или:

df <- read.delim(file="whatever", header=F, sep = " ")

Answer 5

Используйте

line <- readLines(con, 1)

, чтобы прочитать одну строку из соединения con, которая может быть такой же простой, как con <- file(filename, "r").

Answer 6

если вы знаете, что значения в файле являются целыми числами, вы можете использовать scan() вместо readLines(), но также в цикле:

open(con)
results.list <- list();
current.line <- 1
while( length(line <- scan(con,what=integer(0),nlines=1,quiet=TRUE))>0 ) {
  results.list[[current.line]] <- line
  current.line <- current.line + 1
}
close(con)

Вы получите список числовых векторов.