Обычно я справляюсь с этим с помощью команды копирования после сборки (используя События сборки , поэтому они автоматические), которая помещает сборки зависимостей в общую папку.
Затем я проверяю, включена ли эта папка в путь поиска моего контейнера IoC, чтобы они были найдены.
Другой, похожий вариант - использовать событие сборки в основном проекте приложения. Затем он может скопировать зависимости в соответствующую папку. Это имеет то преимущество, что позволяет использовать разные зависимости для разных приложений в одном и том же решении, и в то же время проста в обслуживании.