SQLite поддерживает интеграцию шифрования, но стандартный дистрибутив SQLite с открытым исходным кодом не поддерживает шифрование. Зашифрованные версии SQLite будут переносимы только между разными клиентами или инструментами, если все они будут использовать одно и то же расширение шифрования.
Разработчики SQLite сами распространяют коммерческую версию SQLite, которая прозрачно поддерживает шифрование. Когда этот модуль используется для шифрования, шифрование работает на разных платформах, и каждый байт, записанный в файл, шифруется. В зашифрованном файле SQLite, хранящемся на диске, нет ничего, что указывало бы на то, что это база данных SQLite. Многие инструменты поддерживают эту реализацию, позволяя вам поместить коммерческий файл sqlite.dll вместо открытого.
Существуют также сторонние расширения, поддерживающие шифрование. Например, System.Data.SQLite поддерживает шифрование, но использует для этого библиотеки .NET, поэтому зашифрованный System.Data.SQLite может быть прочитан только другим клиентом, который также использует System.Data.SQLite (это специально уважение к основным разработчикам SQLite и их коммерческому продукту).
Adobe AIR 1.5 поддерживает шифрование. Я точно не знаю, какой механизм используется, я искал и не мог найти ответ. Возможно, что зашифрованная база данных AIR может быть прочитана только с помощью AIR. Я точно не знаю, в любом случае. Тем не менее, вот хорошая отправная точка для изучения работы с зашифрованными базами данных - AIR:
http://probertson.com/articles/2008/11/18/air-1_5-encrypted-sqlite-database-how-to/