Настройки приложения могут быть установлены для проекта (обычно это синий значок в верхней части вашего ящика Xcode), но также могут быть переопределены в отдельных целях приложения (маленький красный значок яблочка). Настройки, примененные к проекту, похожи на глобальные настройки. Вы можете изменить глобальные настройки в разных целях. Поэтому убедитесь, что вы не устанавливаете 3.1 в качестве цели, переопределяя настройки проекта, которые вы установили на 4.0.