Попробуйте вызвать 'map.checkResize ()' после того, как карта должна быть нарисована. Я мало занимаюсь веб-разработкой, но помню, что у моего приятеля недавно была такая же проблема, и он исправил ее, заставив IE вызывать этот метод после рисования карты.
Надеюсь, это поможет, если я неправильно понял ваш вопрос, прошу прощения.