flash-объекты захватывают щелчки мыши, поэтому вам нужно поместить код навигации по ссылкам внутри flash-кода, обычно это onRelease и gotoUrl (я не флеш-разработчик, я не знаю особенностей).
Единственный способ, которым я мог бы подумать, это взломать и не поддерживаться во всех браузерах, вы бы поместили полупрозрачный div поверх флэш-контента, и на него была бы ссылка.проблема в том, что большинство флеш-плееров linux и другие просто всегда будут на вершине, независимо от установленного вами z-индекса.