Я не разбираюсь в CMAKE, однако я знаю, что вы можете установить выходной путь SWIG, используя параметр командной строки для исполняемого файла SWIG:
swig.exe -outdir /path/I/want
Возможно, строка выше гласит: SET (CMAKE_SWIG_FLAGS "")
Вы можете поставить в скобках требуемый параметр командной строки?