Существует инфраструктура модульного тестирования для SSIS - см. SSISUnit .
Это стоит посмотреть, но это может не решить вашу проблему. С помощью этой структуры можно выполнить модульное тестирование отдельных компонентов на уровне потока управления, но невозможно изолировать и отдельные преобразования потока данных - можно протестировать только весь компонент потока данных.
Один из подходов, который вы можете использовать, - это перепроектировать ваш пакет и разбить ваш компонент DataFlow на несколько компонентов DataFlow, которые можно протестировать индивидуально. Однако это повлияет на производительность вашего пакета, поскольку вам придется сохранять данные где-то между каждой задачей потока данных.
Вы также можете принять этот подход, используя NUnit или аналогичную инфраструктуру, используя API служб SSIS для загрузки пакета и выполнения отдельной задачи.