Насколько я знаю, использование классов, созданных доктринами, ничем не отличается от использования моделей, написанных вами с нуля.Я бы сказал, что главное преимущество их автоматической генерации состоит в том, что (помимо привлечения меньшего количества работы для вас!) Это снижает риск ошибок, таких как опечатки и т. Д. Я склонен считать базовые классы местом, где содержатся базовая структура и взаимосвязи,Затем я помещаю любые специфичные для таблицы функции в класс таблицы.Не забывайте, что все классы таблиц наследуются от их базового класса, поэтому вам нужно только явно ссылаться на класс таблицы.