Файлы, которые отслеживаются и игнорируются, обрабатываются как обычные файлы. Обычно это происходит, если вы игнорируете файлы после их добавления.
Допустим, вы добавляете файл «игнорируется», фиксируете его, затем создаете две ветки «normalbranch» и «removebranch». Затем вы добавляете .gitignore с файлом, игнорируемым в ветви 'normal', и удаляете файл в ветви 'ignore'.
В этот момент, если вы слите в удаленную ветку с git нормальной ветки, файл будет «игнорироваться», независимо от настройки «игнорировать». Или, если коротко: только git status заботится о файлах .ignored.
Вы можете удалить файл из всех веток с помощью git rm --cached <file>, чтобы удалить его из git без удаления самого файла. После этого все должно работать как обычно
Это кстати. способ игнорировать файл, который в настоящее время отслеживается.
Cheers,
Рето