Плагин сниппета оборачивает элемент pre
<div>
, а также добавляет к нему класс в зависимости от выбранного стиля кода.
Очевидно, что они используют их, чтобы проверить, был ли элемент уже фрагмент 'ed.
Вам нужно будет отменить эти изменения, и простое решение в вашем случае это изменить
$('pre').snippet("c",{style:"the",showNum:true});
до
$('pre').removeClass().unwrap().snippet("c",{style:"the",showNum:true});
пример на http://jsfiddle.net/gaby/Kpphx/