Если элементы массива ячеек являются векторами строк, вы можете сделать это:
union_ids = unique( [encounter_ids{:}] );
Вместо этого, если они являются векторами столбцов, используйте:
union_ids = unique( vertcat(encounter_ids{:}) );
Если вы не уверены, или они оба являются обоими (некоторые являются векторами строк, некоторые являются столбцами), то вы можете принудительно заставить их быть всеми векторами столбцов:
encounter_ids = cellfun(@(c)c(:), encounter_ids, 'UniformOutput',false);
union_ids = unique( vertcat(encounter_ids{:}) );