Simple. IE6 и выше будут с успехом центрировать вашу таблицу с "margin: 0 auto;" если только страница отображается в «стандартном» режиме. Чтобы это произошло, вам нужно правильное объявление типа документа, например
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/strict.dtd">
или
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
Правда, IE5.5 и ниже все равно откажется отцентрировать таблицу, но, возможно, вы можете с этим смириться, особенно если страница все еще функционирует с выровненной таблицей слева. Я думаю, что к настоящему времени пользователи IE5.5 и ниже справедливо привыкли к некоторым странно выглядящим веб-сайтам - но вы все равно должны убедиться, что эти визуальные глюки не делают ваш сайт непригодным для использования.
Удачного кодирования!
РЕДАКТИРОВАТЬ: Извините, я, возможно, должен указать, что вам не нужно иметь «строгий» тип документа, чтобы получить IE6 и перейти в «стандартный» режим рендеринга. Я понял, что это может показаться таким образом из примеров doctype, которые я разместил выше. Например, это объявление типа документа, конечно, будет работать одинаково:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">