Я столкнулся с подобной проблемой несколько минут назад. Я не смог запустить установочный файл py2exe, он продолжал говорить, что конфигурация приложения была неправильной. Переход на python 2.5 для меня не сработал, потому что я использовал операторы with в коде и не хотел его менять.
Я переустановил Python 2.6 и проверил параметр, который говорит, что любой на компьютере может использовать Python. Сработало просто отлично.