Не должно быть проблемы, оставляя их в виде отдельных файлов. FastCGI не нужно загружать и компилировать библиотеку для каждого запроса, поэтому время запуска не так уж важно, как в обычном CGI. Если вы не ищете вещи для работы, я бы, вероятно, просто оставил это в покое.
Однако, если библиотека была написана каким-то странным образом, где вам нужно загружать ее один раз для каждого запроса, это другая история.
Для вашего примера, я думаю, вам нужно переместить все элементы FastCGI в один файл. Вы загружаете модули, такие как FCGI, в файл, который вы хотите использовать из этого модуля.