Без использования Ant / Maven и т. Д. (И я бы настоятельно рекомендовал бы использовать их - командная строка не поддерживается, так как ваш проект усложняется, и если вы не написали сценарий, вам придется помнить, как вы вызывалиэто в последний раз, когда вы в следующий раз собираете) вы сможете передавать все свои файлы .java компилятору в командной строке.например, в Unix:
javac `find . -name \*.java'
или аналогичный (вам, вероятно, понадобятся дополнительные аргументы для пути к классам и т. д.)